螺杆空压机的冷却方法，一般采用风冷和水冷两种。风冷式结构简略，投资少，但因条件约束，散热作用差，多用于微型、小型螺杆空压机。水冷式尽管结构杂乱，技术要求高，但散热作用显著，便于调节，作业牢靠，故大、中型螺杆空压机多用水冷，中、大型螺杆空压机冷却方法均为闭路循环水冷式。
　　闭路循环水冷却的优点是，根据地势设置多级冷却池、塔，天然散热作用好；节省了冷却水的消耗量，降低了螺杆空压机的运转成本。可是，极易构成螺杆空压机的水冷却系统严峻结垢。
　　水冷却系统的结垢，主要是因为冷却水中含有可溶性的不稳定的重碳酸钙和重碳酸镁(还含有其他金属的阴、阳离子和各种杂质)，在普通条件下受热分解成极难溶解的碳酸盐，堆积于气缸水套和管路内壁上构成水垢。通常在一般温度下，碳酸盐浓度若不超越饱满极限，则稳定的存在于水中，但因为冷却水跟着螺杆空压机的运转，温度不断升高，也不断蒸发，使水中盐类浓度逐步超越饱满极限，便发生沉淀而构成导热性极差的水垢。温度越高，盐度越浓，生成水垢就越快、越多、越硬。
　　已构成的水垢，会缩小水流通道，添加水循环时的阻力，阻碍正常的热交换；伴跟着水垢层的不断加厚，将构成设备严峻的冷却不良而带来的一系列的后果；一起，对管内、气缸内的水垢难以清除，还添加了维修费用。当结垢面不均匀时．还会引起局部腐蚀等。因此，对螺杆空压机的安全、经济运转危害很大。